Durante el 2012, Roberto Opazo (fundador de Acepta.com) y Emilio Davis (ex gerente de tecnología y socio de Bligoo) fundaron khipu, con la intención de transformar las transferencias electrónicas en la base de un nuevo medio de pago. Los pagos con transferencia y con tarjeta de débito tienen cargo en cuenta corriente o cuenta vista, lo que representa más de 4 veces los pagos que se hacen cada mes con tarjetas de crédito y crecen con una tasa más acelerada.

La tecnología fue desarrollada en secreto durante ese año, por un equipo que incluyó a miembros clave que antes los había apoyado en el desarrollo de Acepta.com y Bligoo.

El 2013 se incorporó Luis Hernán Paul, quien fue inversionista ángel y director, llevando la empresa a un nivel de madurez en cuando a gobierno corporativo.

En Chile se hacen más de 20 millones de transferencias cada mes, sin embargo, sin khipu estas no son un buen medio de pago, por el tiempo que toma al comercio validar su llegada a la cartola y conciliarlas con las ventas.

La implementación de khipu logró una nueva solución, muy bien recibida por comercios que necesitan bajar sus costos de recaudación, ampliar la cantidad de personas que les pueden pagar, conciliar rápidamente sus ventas para entregar productos y tener un medio de pago de contingencia, que funcione cuando otros medios de pago tengan dificultades.

De esta forma, khipu logró entrar en una industria cerrada y llena de oportunidades.